Gefährdung:

Der Amazonas Flussdelphin hat von den von ihm handelnden örtlichen Legenden profitiert. Die Menschen im Regenwald glauben noch heute, dass er übernatürliche Kräfte hat. Man glaubt, dass sich die Seelen ertrunkener Menschen in Flussdelphine verwandeln. Diese können sich in elegante junge Männer verwandeln und Frauen entführen. Die Angst vor der Rache der Delphine hat dazu geführt, dass sie nicht direkt bejagt wurden.
Dennoch wurde der Boto von der Internationalen Naturschutzunion als gefährdet eingestuft.
Gefahren:
Der Boto ist gefährdet durch vom Menschen herbeigeführte Lebensraumveränderungen (Staudämme) und stirbt als ungewollter Beifang in Fischernetzen. Flussverschmutzung ist eine weitere Gefahrenquelle (Insektizide der Landwirtschaft, Industrie und Minenabwässer, Abwässer der an den Flüssen liegenden Siedlungen. In Peru gibt es mehrere Berichte von zugezogenen Fischern, die Flussdelphine vergiften, weil sie sie als Nahrungskonkurrenten sehen. Eine der größten Gefahren ist aber wahrscheinlich die ständig zunehmende Überfischung der Regenwaldflüsse durch den Menschen. Als Folge dessen sind die Flussdelphinbestände dort am dichtesten wo kein oder wenig Fischfang stattfindet (zum Beispiel innerhalb des Pacaya Samiria Naturschutzgebietes in Peru).
Fischfang:
Auch wenn die Delphine nicht direkt bejagt werden, werden sie manchmal von Fischern getötet, die ihre Netze schützen wollen oder die Delphine als Nahrungskonkurrenten betrachten.
Im Orinoko wird der Fisch Palometa (Mylossoma sp.) gefischt, indem man mehrere Tage lang an bestimmten Stellen Maiskörner ins Wasser wirft, was dann große Mengen dieser Fische anzieht. Sie werden dann mit Angeln oder Harpunen gefischt. In den letzten Jahren häufen sich die Berichte von Delphinen, die beginnen diese Fischansammlungen auszunutzen und von Fischern, die daraufhin die Delphine erschießen oder harpunieren, um Fischfangverluste zu vermeiden.
Im Amazonas und im Orinoko Brasiliens haben Fischer begonnen, eine aasfressende Welsart zu befischen, den im Orinoko als Mapurito bekannten Calophysus macropterus. Er wird im Aazonas Mota oder Simí genannt. Ursprünglich verwandten die Fischer Schweinsinnereien als Köder aber heutzutage werden immer mehr Delphine und Kaimane verwendet.
In Peru, Bolivien, Kolumbien und Brasilien kommt es auch immer wieder dazu, dass Delphine in den Fischernetzen ertrinken. Manchmal werden sie lebend gefangen, oft verletzt. Manchmal werden diese Tiere befreit, aber oft werden sie auch mit Machetenschlägen getötet und dann als Fischköder verwendet.
Im Naturschutzgebiet von Pacaya-Samiria in Peru werden auch Fälle berichtet, in denen Delphine absichtlich vergiftet werden, um diese angeblichen Nahrungskonkurrenten zu beseitigen. Dies wird oft von Fischern getan, die zugewandert sind und nicht an die lokalen Legenden glauben. Als Gift wird Methil-Paration verwendet.
Lebensraumzerstörung:
Es gibt zehn Staudämme im brasilianischen Amazonas, die die Delphinbestände in kleine Gruppen trennen und voneinander abschneiden. Staudämme zerteilen nicht nur den Lebensraum der Delphine, sie zerstören ihn auch. Sie regeln und beseitigen die Dynamik der Flüsse, was zu gravierenden Änderungen im Sedimenttransport und in der Wasserqualität führt. Sandbänke und Inseln können stromabwärts nicht mehr gebildet werden. Überschwemmungsgebiete werden ganzjährig trockengelegt. Das führt dazu, dass sich die Vermehrung der Fische drastisch verringert. Auch die Artenvielfalt verringert sich stark. Der Sauerstoffgehalt wird stark reduziert was zu Fischsterben führen kann.
Umweltverschmutzung:
Pestizide aus der Landwirtschaft, Schwermetalle wie Quecksilber aus der Goldförderung und Umweltgifte der Papierindustrie haben in vielen Regenwaldflüssen zu schweren Verschmutzungsgraden geführt.
Ölförderung ist eine große Gefahrenquelle im Amazonas und Orinko-Fluss-System. In Kolumbien haben Terroristen schon öfter Ölpipelines in die Luft gesprengt. Die Ölpipeline von Caño Limón (von Arauca nach Bolívar) wurde schon 473 mal beschädigt. Die daraus resultierenden Ölkatastrophen zählen zu den schlimmsten, die es weltweit in Süßwassergebieten gab.
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